De Zoom H6 Black beschikt over vier main inputs (1-4) plus 2 optionele inputs (L, R) die afhankelijk zijn van welke capsule (X/Y, MS, Shotgun of Dual XLR/TRS Combo) is aangesloten. De meegeleverde XYH-6 X/Y capsule levert ook een tweede input om een extern microfoonsignaal of lijnsignaal op aan te sluiten via stereo 1/8" Mic/Line in mini jack. Wanneer er een connectie is gemaakt met dat signaal wordt signaal van de X/Y microfoons automatisch afgesloten. Alle vier de main inputs zijn combo connectors waar zowel jack als XLR op aan te sluiten is. Zo kunnen DJ mixers, elektronische keyboards en allerlei andere apparaten gemakkelijk aangesloten worden.
Alle zes inputs hebben een eigen toegewezen gain control knop. Als toevoeging hebben alle vier de main inputs en de EXH-6 capsule een -20dB pad, wat verstoring en clipping nog meer tegengaat bij hoge geluidsdruk. Met de 'Pad switch' kan de H6 30dB harder en 14dB zachter dan elke andere handy recorder
